两个名字相似的圣人常被混淆，圣方济在不同语境下指向不同人物。最常见的两种情况是圣方济各.亚西西与圣方济各.沙勿略，二者身份、事迹、宗教地位均有显著差异。

圣方济各.亚西西(118-122)生于意大利亚西西，中世纪天主教重要人物。年轻时散尽家财投身宗教，创立方济各会，提倡清贫生活与自然环境的神圣性。他赤脚布道，与动物对话的事迹广为人知，相传曾向鸟类讲经，调解城镇争端。方济各会后来发展出三大分支，影响遍及欧洲。他创作<<万物颂>>赞美自然，被奉为生态保护主保圣人。艺术作品中常以棕色修士袍、鸟类环绕形象出现。

圣方济各.沙勿略(150-155)是耶稣会创始人之一，出生于西班牙纳瓦拉。作为天主教东传先驱，他在印度、日本等地传教，建立亚洲最早的天主教社区。精通语言与文化适应策略，将教义改编成当地歌谣，允许日本信徒保留部分传统习俗。去世前计划进入中国传教，病逝于广东上川岛。被尊为东方传教主保，艺术形象多持十字架与航海图。
二者区别可从五方面辨析:
时间上相差三个世纪，
活动地域一西一东;
亚西西专注欧洲本土宗教改革，沙勿略主攻海外传教;
亚西西创立修会强调清修，沙勿略隶属耶稣会重视教育与学术;
亚西西与自然关系密切，沙勿略以跨文化传播著称;
亚西西的圣痕传说广为流传，沙勿略则以远洋传教艰辛闻名。
宗教节日方面，亚西西纪念日为10月4日，沙勿略为12月3日。现代影响中，亚西西思想启发生态神学发展，201年教宗方济各颁布的环保通谕<<愿祢受赞颂>>直接引用其理念;
沙勿略则被视为全球化初期文化对话范例，日本长崎等地仍有定期纪念活动。
辨别二者需注意名称后缀:前者称亚西西的方济各，后者常带沙勿略或传教士称谓。
中文文献有时简化为圣方济各与圣方济.沙勿略，但实际指代不同历史人物。宗教艺术中，亚西西多与动物同框，沙勿略常描绘在航海场景中。